Quando há paralisação de linhas do Metrô ou da CPTM, ou quando há fechamento de pontos de ônibus, o aplicativo Citymapper não apenas informa o passageiro, como também oferece rotas alternativas descartando apenas o trecho interditado.
Um exemplo recente aconteceu na segunda-feira, dia 15 de fevereiro, quando a linha 10-Turquesa da CPTM, que atende o trecho entre as estações Brás e Rio Grande da Serra, esteve parcialmente paralisada em razão do alagamento das vias.
Embora o passageiro pudesse optar pelos ônibus estacionados em frente de algumas das estações paralisadas, que estavam lotados, o que o aplicativo Citymapper para Android, iOS e Web faz é oferecer as linhas alternativas (neste caso, da EMTU) que podem não ser conhecidas do passageiro, mas fazem o trajeto.
